蛟龙号作为一艘专用舰队指挥舰，其优良性能突出表现在强大的指挥控制功能上。
海军指挥控制系统(NCCS)由舰队指挥中心(FCC)和旗舰指挥中心(TFCC)共同组成、
舰队指挥中心是设在岸上的陆基指挥所，旗舰指挥中心就是象蛟龙号这样的，位于作战海域的海上指挥控制舰。
在具体的作战指挥中.设在北海港的舰队指挥中心将各种作战指令、作战海域的海洋监视情报、敌情威胁及作战海域的环境数据发送到旗舰指挥中心，经过处理之后分送各个指挥位置和作战部队。
与此同时，旗舰指挥中心还会不断收到各部队关于自身状况、作战行动海域的海洋监视情报及作战任务的进展情况的报告，这些信息经过汇总处理之后，将报告舰队指挥中心。
由此可见，在海上作战指挥中，蛟龙号处于中心环节。起着承上启下的重要作用。蛟龙号上的旗舰指挥中心是一个大型综合通信及信息处理系统，它同70多台发信机和100多台收信机连接在一起，同三组卫星通信装置相通，可以每秒3000次的速度同外界进行信息交流。
接收的全部密码可自动进行翻译，通过舰内自动装置将译出的电文送到指挥人员手中，同时可将这些信息存储在综合情报中心的计算机中。蛟龙号的这种信息收发处理能力，在世界所有舰两栖指挥舰中都是首屈一指的。
蛟龙号上共有七个主要指挥区域：指挥部门--旗舰指挥中心，它是指挥员日常工作的舱室，在实施两栖作战时又叫两栖登陆部队指挥舱。它的主要作用是对两栖作战中的对空、反潜、反舰兵力及航渡中的登陆编队实施指挥。舱内设有13部TA一980U卫星电话终端，两个1.1×1.1米的正方形战术显示屏，随时显示整个舰队的位置和活动情况。
登陆部队指挥舱它是登陆部队指挥员的指挥位置，舱内设有海军战术数据系统终端、两栖支援信息系统终端和海军情报处理系统终端。登陆部队指挥员使用这些设施掌握登陆作战的进展情况，对先头部队的作战行动及后勤保障提供支援。
对海作战指挥中心主要用于指挥航空母舰编队和其它作战编队实施对海作战，装备有战术数据系统终端和战术显示屏。
反潜战中心同对海作战指挥中心设在同一舱室内，主要用于指挥舰队及潜艇实施反潜作战，传递反潜战信息。
登陆部队火控中心负责协调舰队内火力分配，对两栖作战提供支援，登陆作战初期对登陆地段进行航空火力和舰炮火力支援，部队抢滩作战时对敌滩头火力进行压制，登陆部队向纵深推进时实施延伸火力支援。
作战情报中心设有由各类显示屏、标图板、通信设备、终端机组成的8部显控台，包括空中拦截控制台、空中优劣形势控制台、战术系统显示台、威胁判断显控台、武器协调显控台等。
综合通信中心设有200多个控制台，协调控制200余种收发信装置，保障舰队与陆上指挥部及舰队下属各作战部队的通信。
蓝岭号两栖指挥舰
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